Khi Scrat vô tình khiêu khích một thảm họa lục địa với một cơn bão, Manny được tách ra khỏi Ellie và Peaches trên một tảng băng trôi với Diego, Sid và Granny nhưng anh hứa rằng anh sẽ tìm cách trở về nhà. Trong khi băng qua đại dương, họ bị bắt bởi Captain Cướp biển tàn khốc Gutt và phi hành đoàn của mình. Tuy nhiên, họ trốn thoát và Manny vẽ một kế hoạch để đánh cắp tàu thuyền của thuyền trưởng và trở về quê hương trong một chuyến đi nguy hiểm xuyên qua biển. Nhưng những tên cướp biển tàn khốc tìm cách trả thù Manny và gia đình và bạn bè của mình.
