Trên một hành tinh bị phá hủy, con người và android sống chung hòa bình tại thành phố cuối cùng của thế giới. Mọi thứ bắt đầu thay đổi khi thanh tra Re-l Mayer, một nhân viên cấp cao của chính phủ, bắt đầu điều tra vụ án bí ẩn liên quan đến một con quái vật được biết đến với cái tên Ergo Proxy. Trong quá trình điều tra, Re-l phát hiện ra rằng mình cần phải đấu tranh không chỉ với Ergo Proxy, mà còn với bí mật sâu kín của chính phủ và ẩn sau những bí mật đó là sự thật bi thảm về cuộc sống của con người và android.
Trong cuộc hành trình đầy nguy hiểm và khám phá, Re-l được giúp đỡ bởi Vincent Law, một android bí ẩn và thông minh. Họ cùng nhau bắt đầu một cuộc đua với thời gian để khám phá bí ẩn và ngăn chặn âm mưu đen tối của chính phủ. Trên đường đi, họ phải đối mặt với nhiều nguy hiểm và khó khăn, từ những kẻ săn mồi tới những bí mật kinh hoàng được chôn giấu sâu bên trong thành phố.
Truyện tiếp tục phát triển với những sự phát hiện đầy kinh ngạc về quá khứ đen tối, về sự phản bội và lòng trung thành, giữa con người và máy móc. Cuối cùng, Re-l và Vincent phải đương đầu với qu
